L'Académie Française de l'Ophtalmologie a été crée le 9 octobre 1999 à l'initiative de 4 instances qui représentent les forces vives de l'ophtalmologie française: la Société Française d'Ophtalmologie, le Syndicat National des Ophtalmologistes de France, le Collège des Ophtalmologistes Universitaires de France, le Collège des Ophtalmologistes des Hôpitaux Généraux de France.
Depuis 2011, elle est également le Conseil National Professionnel pour l'ophtalmologie.
